Face à la menace du dérèglement climatique qui pèse sur le Coffea arabica, généticiens et botanistes s’allient pour relever le défi de sa génétique et créer des variétés plus résilientes.
Mercredi matin au Escape Lab à Montréal. L’équipe d’Escape Coffee Company est réunie pour son cupping hebdomadaire, méthode d’évaluation standardisée, pour sélectionner les prochains cafés aux arômes exceptionnels du menu. Mais l’ombre du dérèglement climatique plane au-dessus des variétés de Coffea arabica dégustées.
En effet, bien qu’elle constitue 60% du café mondialement produit, cette espèce est listée depuis 2018 comme en danger par l’International Union for the Conservation of Nature’s Red List. Les scientifiques du Kew Garden, le jardin botanique royal de Londres, estimaient en 2019 que la population d’arabica serait réduite de 50% d’ici 2088 à cause du réchauffement climatique.
David Boucher, torréfacteur et fondateur d’Escape depuis sept ans remarque que les arômes des cafés sont moins vifs, les grains ont plus de défauts. « Il y a une grosse différence pour vrai ! », s’exclame-t-il. David Batres, petit producteur du Guatemala, confirme l’impact de l’imprévisibilité des précipitations sur sa ferme. « Le climat est différent chaque année », explique-t-il, « il y a des problèmes différents, les maladies sont différentes ». La plus connue, la rouille du caféier, fait des ravages réduisant la qualité des cerises et jusqu’à 75% des productions.
De plus, la faible diversité génétique des variétés arabica cultivées, l’uniformité de son code biologique, rend l’espèce plus vulnérable aux maladies et aux changements climatiques rapides. Bien que l’hybridation inter-espèce puisse introduire un nouveau bagage génétique pour créer des variétés plus performantes, une étude récente révèle que l’architecture-même du code génétique de C. arabica rend le processus complexe.
L’hybridation complexe de l’arabica
Hybride naturel apparu il y a 500 000 ans, l’ensemble des gènes de l’arabica est réparti sur quatre lots de chromosomes, une structure bien plus dense que la majorité des plantes cultivées. Contrairement à un croisement habituel où chacun des deux parents transmet la moitié de ses chromosomes à sa progéniture, l’arabica a hérité de la totalité du bagage génétique de ses parents. Cette complexité lui donne ses arômes exceptionnels mais complique le développement de nouvelles variétés souvent stériles. Malgré tout, un hybride naturel viable entre un arabica et un robusta, l’hybride de Timor, est devenu une solution naturelle pour créer de nouvelles variétés plus résistantes aux maladies, mais aux arômes moins intéressants.
Pour ajouter à la complexité, le mode de reproduction de l’arabica fonctionne en circuit fermé. L’auto-pollinisation limite alors les échanges génétiques naturels, ralentissant considérablement la création de nouvelles variétés. Comme il faut attendre la maturité de chaque nouveau plant pour en évaluer la qualité et la performance (environ cinq à six ans) et qu’il faut répéter l’opération sur cinq générations pour stabiliser la variété, le processus peut s’étaler sur 25 ans.
La clé pour surmonter cette lenteur réside au cœur de la compréhension du génome du café. En le parcourant, les généticiens placent des marqueurs moléculaires identifiant des traits d’intérêt comme des arômes particuliers ou la résistance à la rouille. « On va se baser sur des espèces de pancartes, comme sur une route, […] qui disent que dans le coin, il y a un bon gène » explique Christophe Montagnon, fondateur de RD2 Vision, société de consultation en recherche et développement pour les fermes de café, proche de Montpellier, en France.
Maîtriser l’hybridation par les gènes
Cette connaissance du génome facilite le processus d’hybridation, d’abord pour le choix des parents. En effet, des botanistes comme Aaron Davis, du Kew Garden, parcourent l’Afrique à la recherche de nouvelles espèces sauvages, comme Coffea stenophylla, originaire de Côte d’Ivoire qui tolère des températures plus chaudes tout en conservant un profil aromatique intéressant, ou Coffea brevipes, proche parent du robusta provenant de l’Afrique Centrale. Ils créent ainsi une bibliothèque génétique des parents potentiels des futurs hybrides.
Les marqueurs moléculaires aident également à sélectionner les hybrides dès la pépinière. Grâce à ce croisement sélectif, le World Coffee Research développe des hybrides de première génération, appelés hybrides F1, en seulement dix ans. Cependant, ces nouvelles variétés sont coûteuses (environ 1.10 $ par plant). Tout comme les hybrides réguliers, les hybrides F1 ne transmettent pas fidèlement leurs qualités à leur descendance. Ils ne peuvent donc pas être multipliés par de simples semences. Ils doivent être propagés par clonage (bouturage ou clonage in vitro), une technique laborieuse.
Pour réduire ce coût, il faut stabiliser les variétés plus rapidement. La solution, développée par Benoît Bertrand, chercheur retraité au Cirad à Montpellier en France, combine les connaissances du génome et la stérilité mâle. En utilisant des caféiers mâles-stériles (qui ne produisent pas de pollen), le chercheur force le croisement entre deux variétés choisies. Il s’assure ainsi que chaque graine récoltée produira un hybride plus stable. Ce procédé permet une reproduction de masse par semences, diminuant le coût à seulement 0.68 $ par plant. « On est à la veille d’un bouleversement de la façon de produire des variétés », s’exclame Benoît Bertrand.
Les défis de l’application
Ces variétés, issues de la recherche, doivent maintenant prouver leur performance au champ. Or, les terroirs particuliers de chaque ferme et les instabilités liées au dérèglement climatique influencent énormément le développement du caféier. Une même variété ne produira pas un café de même qualité s’il est cultivé au Guatemala ou en Éthiopie.
De plus, l’hybridation reste un compromis entre la qualité et la performance. Le but est de proposer aux fermes une variété résistante, performante et adaptée à son microclimat, un gage de rentabilité à long terme pour le fermier.
Malheureusement, même cette performance n’est pas toujours garantie. La raison principale est que la variété vendue n’est pas toujours certifiée. « Il y a une absence totale de secteur semencier professionnel, à quelques exceptions près, […], ça veut dire simplement qu’il n’y a aucun contrôle », déplore Christophe Montagnon. Par chance, certains semenciers comme LeanCoffee au Guatemala, fournissent des plants dont la variété est certifiée. « Une manière de savoir, c’est d’acheter à une source qui fait vraiment un test de laboratoire et qui vend une certification », insiste David Batres. Mais cette certification génomique est un coût supplémentaire pour les petits producteurs.
Alors, comment s’assurer que Coffea arabica pourra continuer à surprendre les papilles par ses arômes exceptionnels ? La clé réside pour le moment dans la formation des petits producteurs pour développer des fermes résilientes sans compromettre la qualité aromatique. David Batres, passionné et formateur, en est le parfait exemple : « Mon but, c’est de pouvoir avoir quelque chose d’unique ». Malgré la précision de la génétique, la part de magie, ou le hasard des découvertes autour d’une table de cupping, demeure essentiel. C’est ce caractère unique, recherché par les torréfacteurs et les passionnés, qui garantit la place des cafés d’exception dans l’avenir.